Alsancak semtindeki Atatürk Müzesi, 2011'de çürük olduğu gerekçesiyle Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından restorasyon amacıyla kapatıldı. Müze 2 yıl boyunca ziyarete kapatılırken 2013 yılında restorasyon çalışmalarına başlandı.
Bu sırada Atatürk'ün daha önce sergilenmemiş, günlük yaşamında ve resmi törenlerde giydiği kıyafetleri, fotoğrafları, konsollar, aynalar, heykeller, tablolar, bindiği kayık ve Uşak halkının hediye ettiği yün halılar zarar görmemesi için özel olarak paketlendi ve mühürlendi. Kayıt altına alınan eşyalar, daha sonra Atatürk Müzesi'nin bodrum katında bulunan bir odaya kilitlenirken kapı da mühürlendi.
İki yıllık restorasyon çalışmasının ardından Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü tarafından yaptırılan Atatük Müzesi, Turizm Bakanı Ömer Çelik tarafından geçtiğimiz 19 Mayıs Atatürk'ü Anma Gençlik ve Spor Bayramında tekrardan açılmıştı. Müzenin açılması ile bodrum katta bulunan tarihi eşyalar sergilenmek üzere mühürleri açılarak tekrar müzeye yerleştirildi. Ancak, kayıtlı olan halılardan 6 adet tarihi Uşak halısından 12 metrekarelik yün halının olmadığı ortaya çıktı.
İlk yapılan araştırmaya göre, restorasyon çalışmasında bazı güvenlik kameralarının çalışmaması nedeniyle depoya nasıl girildiği, mührün nasıl açıldığı ve halının kim tarafından alındığı ilk incelemede tespit edilemedi. Atatürk'ün İzmir'e geldiğinde kaldığı ev olan müzedeki Atatürk'ün ayak bastığı 89 yıllık yün halının kaybolmasının ardından Kültür ve Turizm İzmir İl Müdürlüğü tutanak tutarak, durumu bakanlığa iletti. Halının çalınmış olabileceği ihtimaline karşı, satılmaması ve yurtdışına kaçırılmaması için ilgili birimlere yazı yazıldığı ve soruşturma açıldığı öğrenildi.