Kültür Ve Turizm Bakanlığı Müzeler Genel Müdürlüğü Bursa Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü tarafından yürütülen "İznik Nilüfer Hatun İmarethanesi ve Müştemilatı Yapımı Teşhir Tanzimi ve Çevre Düzenlemesi" projesi kapsamında yeni müze binası temel kazılarında Bizans dönemine ait kalıntılar ortaya çıktı.
Yapı kalıntısının, teşhir edilmeye yeterli bulunmaması ve deforme olmasının önüne geçilmesi düşüncesi ile üstü kapatıldı. 2 dönüm alanda süren dolgu çalışmalarının ardından bu bölge sergi alanı olarak kullanılacak. Yaklaşık 16 bin eser bulunan İznik Müzesinin yeni binası, ilçenin Yenişehirkapı bölgesindeki alana yapılacak. Bölgede yer tahsis çalışmaları devam ederken, Nilüfer Hatun İmareti içerisinde ve bahçesinde "Türk İslam Eserleri Müzesi" çalışmaları devam ediyor.