İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından FETÖ silahlı terör örgütünün Ege Bölgesi ve İzmir’deki ana finansörleri ve tepe yöneticileri ile önde gelen iş adamı mensupları ve sözde imam ve abilerini konu alan ana soruşturma dosyası kapsamında 5 Ekim 2016 tarihinden bu yana yakalama emri ile aranan Yusuf Bekmezci, İzmir Terörle Mücadele ve İstihbarat Şube ekiplerinin operasyonuyla yakalandı.
Örgüt yapılanmasında il, bölge ve hatta ülke imamlarının dahi üstünde manevi bir konumda bulunduğu ifade edilen Yusuf Bekmezci’nin, örgüt içerisinde 'Kadim Abi', 'İrşatçı' gibi sıfatlarla tanındığı, örgüt lideri Fethullah Gülen’in en yakınlarından olup onunla birebir görüşebilen, örgüt elebaşı Gülen tarafından “Bekmezciyi üzen beni üzmüş kadar olur” şeklinde sözlerle anılan, örgüt içi anlaşmazlıkları çözümleme noktasında söz ve talimatlarına itiraz edilemeyen, örgüt içerisindeki en tanınır, bilinir, önem verilen, saygı duyulan kişilerden olduğu ifade edildi.
Yine hakkındaki 17 Mart 2018 tarihli yakalama emrine istinaden aranan ve örgüt içerisinde bir dönem sözde Karşıyaka eyalet imamlığı yapan Akif Sarı da Bekmezci ile aynı evde yakalandı. Bekmezci ve Sarı’nın saklandıkları evde 41 bin 466 Amerikan Doları ve 66 bin 625 TL para da ele geçirildi.