İkinci ön eleme turunda oynanan rövanş maçlarının ardından Astana, Vardar, BATE Borisov, Karabağ, Hafnarfjordur, Rijeka ve Partizan takımları tur atlayan taraf oldu.
Eşleşmelerde her iki maçta alınan sonuçlar şöyle:
Astana (Kazakistan) - Spartaks Jurmala (Letonya) (1-0) (1-1)
Vardar (Makedonya) - Malmö (İsveç) (1-1) (3-1)
Alashkert (Ermenistan) - BATE Borisov (Belarus) (1-1) (1-3)
Samtredia (Gürcistan) - Karabağ (Azerbaycan) (0-5) (0-1)
Vikingur Gota (Faroe Adaları) - Hafnarfjordur (İzlanda) (1-1) (0-2)
The New Saints (Galler) - Rijeka (Hırvatistan) (0-2) (1-5)
Buducnost (Karadağ) - Partizan (Sırbistan) (0-2) (0-0)